Grensekommissærens hovedoppgaver er:

• Føre tilsyn med at Grenseavtalen, samt andre overenskomster mellom Norge og Russland som regulerer forholdene på grensen, blir overholdt av begge parter.
• Sammen med politiet og forsvaret forebygge og avgrense omfanget av hendelser som er i strid med gjeldende avtaler.
• Ha dialog med russiske grensemyndigheter for å løse og forebygge eventuelle konflikter og hendelser.

Forebyggende virksomhet er sentralt. Dette innebærer blant annet merking og vedlikehold langs riksgrenselinjen og informasjon til de som ferdes i grenseområdet. Bistand til aktører som samarbeider over grensen har også blitt mer aktuelt gjennom flere års utvikling.